Chùa được xây dựng từ thời Trần, người khởi công xây dựng chùa trên nền thảo am cũ là nàng Điểm Bích, một cung phi tài sắc song toàn, xinh đẹp, thơ hay, đàn giỏi, múa đẹp nổi tiếng thời Trần được vua Trần trao cho vàng ngọc để đi thử lòng Huyền Quang Lý Đạo Tái, đệ Tam tổ Thiền phái Trúc Lâm...

Nơi đây cũng từng là chốn tu thiền nhập định của công chúa nhà Trần, cho nên chùa mới có tên là Am Ni (Ni có nghĩa là “nữ tu hành”). Tương truyền lúc bấy giờ chùa được xây dựng quy mô lớn. Bố cục mặt bằng vào thời Lê theo lối nội công, ngoại quốc gồm các tòa như tiền đường, tam bảo, hành lang, nhà tổ, nhà tăng…

Chùa Vĩnh Nghiêm đã được các nhà nghiên cứu lịch sử văn hóa xem như một bảo tàng văn hoá Phật giáo Đại thừa khá tiêu biểu ở miền Bắc Việt Nam. Ngoài công trình kiến trúc, một trong những di sản văn hoá đặc biệt quý giá ở chùa Vĩnh Nghiêm là kho mộc bản kinh Phật do các vị sư Thiền phái Trúc Lâm

Đến Bổ Đà, du khách được sống trong một không gian văn hoá mang đậm bản sắc văn hoá truyền thống Việt Nam mà rất ít nơi còn lưu giữ được. Đó là, hệ thống 18 toà ngang dãy dọc với gần một trăm gian liên hoàn, xây cất bằng các loại chất liệu gạch ngói, tiểu sành, tường đất…